13.10.2011 Internationales Forscherkonsortium setzt neue Standards für die Genomforschung

Vom 28.9.-30.9. 2011 fand am Max-Planck-Institut für marine Mikrobiologie das 12. Treffen des Genomic Standard Consortiums (GSC) statt. Das Ziel des GSC ist es, die Beschreibung genomischer Daten zu standardisieren und den Austausch und die Vernetzung genomischer Daten zu fördern.

An drei intensiven Tagen haben sich die Teilnehmer des 12. GSC Workshops in Satellite Meetings, Status- und Kurzberichten sowie in Kleinarbeitsgruppen über die Standardisierung und Vernetzung von Genom-Datenbanken ausgetauscht.

63 Teilnehmern aus 11 Nationen beschäftigten sich drei Tage lang mit dem Aufbau und der Vernetzung von Datenbanken, die Umwelt- und Metagenomdaten zusammenführen. Die Entwicklung dieser Datenbanken ist für Wissenschaftler enorm wichtig, da die Menge an Metagenomdaten, das heißt die Menge an Informationen über das Gesamtgenom eines Ökosystems, ständig zunimmt. Die Besucher des Workshops tauschten sich über die Verwaltung dieser Datenmengen und über deren Zuordnung zu den relevanten physikalischen und chemischen Umweltdaten aus. Das Ziel der Bioinformatiker ist es, über das Internet zugängige Genom-Datenbanken zur Verfügung zu stellen, die Forschern eine Reihe von Möglichkeiten bieten, ihre Daten zu analysieren un damit wertvolle Informationen zu erhalten. Ein weiteres Anliegen der Wissenschaftler ist es, Standards zu etablieren, nach denen Metagenomdaten gesammelt werden, so dass die Daten untereinander austauschbar und vergleichbar sind.
Das Besondere der Tagung war, dass nicht nur Wissenschaftler aus dem Bereich der Mikrobiologie vertreten waren, sondern auch Forscher der allgemeinen Biodiversitätsforschung, u. a. Vertreter der Barcode of Life und der Inititative GBIF (Global Biodiverstiy Information Facility), die an der Verfügbarmachung wissenschaftlicher der Biodiversitätsdaten höherer Tiere und Pflanzen arbeiten. Die Forscher streben nun eine Zusammenarbeit an mit dem Ziel, den Austausch dieser Daten aus allen drei Domänen des Lebens, Bakterien, Archeen und Eukaryonten, zu ermöglichen.
Ein weiteres Highlight der Tagung waren Beiträge aus dem Earth Microbiome Project. Für dieses Projekt, das die taxonomische und funktionelle Diversität von Mikroben kartiert, werden die Daten bereits nach den neuen GSC-Standards erhoben (MIxS).

Zwischen den Vorträgen hatten die Teilnehmer genügend Zeit für anregende Diskussionen.

Dem internationalen GSC-Workshop gingen zwei Satelliten-Meetings zu zwei aktuellen EC-Projekten voraus, an denen das Max-Planck-Institut für marine Mikrobiologie beteiligt ist. Im EuroMarine-Projekt wollen Experten aus verschiedenen Bereichen der Biodiversität im nächsten Arbeitspaket Methoden entwickeln, die es Wissenschaftlern ermöglichen, die Proben bereits bei der Probennahme mit begleitenden (Umwelt)-Daten zu verknüpfen. Ziel ist ein Richtlinie zur Datenerhebung, nach der die Daten gemeinschaftlich nutzbar sind und weiterverarbeitet werden können.

Im zweiten EC-Projekt BioVeL, das im September 2011 startete, geht es um den Aufbau eines virtuellen Labors zur Analyse von Biodiversitätsdaten. Ziel ist es, eine Plattform zu schaffen, in der auch Wissenschaftler ohne Spezialausbildung in Bioinformatik selbständig ihre Biodiversitätsdaten nach wissenschaftlichen Standards auswerten können.

Rita Dunker